Sobre la composición toponímica, Frontera, es un adjetivo que refiere al límite que hace con la República de Guatemala y el término Comalapa proviene de la voz náhuatl: Comalapan En el agua de los comales, que deriva de las voces: Comalli, comal; Atl, agua; y -Pan, adverbio de lugar ("en").
Pero también se considera que su nombre se debe al recuerdo de la extinta San Juan Comalapa, y está sobre el paraje Cushú, que se encontraba cerca de Tecpan, Guatemala; es decir en la frontera.
Frontera Comalapa colinda al norte con los municipios de Chicomuselo, Socoltenango y La Trinitaria; al este con el municipio de La Trinitaria y La República de Guatemala; al sur con La República de Guatemala y con los municipios de Amatenango de la Frontera y Bella Vista; al oeste con los municipios de Bella Vista y Chicomuselo.
En cuanto a coordenadas y a altitud, se encuentra entre los paralelos 15°37’ y 15°57’ de latitud norte; los meridianos 91°54’ y 92°15’ de longitud oeste; altitud entre 400 y 1 700 m.